大萧条时期，北卡罗来纳立法会在州政府内部寻找节流的办法。出于这个目的，经过努力，它于1931年将当时的北卡罗来纳大学合并成现在的北卡罗来纳大学教堂山分校、北卡罗来纳州立大学和北卡罗来纳大学格林斯伯勒分校。新的合并后的北卡罗来纳大学在一个基金会和校董的领导下运营了这三所校区。1969年，另外三所通过法案加入了北卡罗来纳大学：北卡罗来纳大学夏洛特分校、北卡罗来纳大学艾塞维利亚分校和北卡罗来纳大学威明顿分校。

1971年，北卡通过立法，将所有16所授予本科学位的公立大学并入该系统。这新的一轮合并给每个校区分派了一个校长和基金会。1985年，北卡罗来纳科学和数学学校，一个当地的寄宿制重点高中，宣布成为该大学的附属中学。

北卡罗来纳大学是所篮球名校，许多NBA球员毕业于此，例如迈克尔·乔丹、文斯·卡特等。