该大学是由一个包括托马斯·伯恩斯的委员会创建，并于1869年由奥塔哥省委员会通过的一项法令正式成立。该大学于1871年7月接受了第一批学生，是新西兰最古老的大学，也是大洋洲第三所大学。 在1874年至1961年间，奥塔哥大学是新西兰大学的一部分，并以其名义颁发学位。

奥塔哥大学以其活泼的学生生活而闻名，特别是他们的宿舍，因为奥塔哥大学生通常住在破旧的老房子里。奥塔哥学生长期以来有命名他们的宿舍(Scarfie flat) 的传统。奥塔哥大学生的昵称 “Scarfie” 来自于他们在寒冷的南方冬天穿着围巾的习惯。

因为此大学宏伟的建筑风格和伴随的花园，奥塔哥大学被英国出版物“每日电讯报”和“哈芬登邮报”列为全球最美丽的大学之一。