范德堡大学分子进化专业硕士课程辅导

分子进化是进化生物学的一个领域，研究在DNA序列水平上的进化变化。它包括研究序列变化的速率，适应性和中性变化的相对重要性，以及基因组结构的变化。

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一、基因的分子系统发育

自20世纪80年代以来，获得DNA核苷酸序列的方法有了极大的改进，并在很大程度上实现了自动化。许多生物体的许多基因已经被测序，从人类到病毒的各种物种的完整基因组已经被测序。在研究基因复制方面，DNA序列的使用特别有意义。编码人类和其他哺乳动物的血红蛋白的基因提供了一个很好的例子。

对血红蛋白链和肌红蛋白(一种密切相关的蛋白质)的氨基酸序列的了解，使我们有可能重建产生相应基因的复制的进化历史。但对这些蛋白质编码基因中的核苷酸序列的直接检查表明，情况比从蛋白质序列中看到的更复杂，也更有趣。

二、多重性和速率异质性

细胞色素c仅由104个氨基酸组成，由312个核苷酸编码。然而，这种短小的蛋白质储存了巨大的进化信息，这使得相当好的近似结果成为可能，如图所示，20个非常不同的物种在超过10亿年的时间里的进化历史。但细胞色素c是一种缓慢进化的蛋白质。差异很大的物种在它们的细胞色素c中具有很大一部分共同的氨基酸，这使得研究只有遥远关系的生物体之间的遗传差异成为可能。然而，由于同样的原因，比较细胞色素c分子不能确定密切相关物种之间的进化关系。

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